El Museo, accesible desde el pasillo de la sacristía en el crucero izquierdo de la Basílica, presenta el Tesoro de la Basílica, que fue reconstituido después del saqueo de 846 y el saqueo de Roma en 1527. A pesar de nuevas pérdidas durante el período napoleónico posterior a la Tratado de Tolentino de 1797, lo que queda, enriquecido con obras de arte tanto de la antigua como de la nueva basílica, constituye sin embargo una colección de extraordinaria importancia.