El recorrido del museo se compone de 9 salas, algunas de las cuales exhiben piezas verdaderamente únicas, entre ellas el tabernáculo del sacramento eucarístico de Donatello, el monumento funerario a Sixto IV de Antonio del Pollaiolo, el sarcófago de Giunio Basso, una verdadera obra maestra de principios Arte cristiano que data del siglo IV, la cruz y los candelabros de plata dorada de A. Gentili (1582), la Cruz del emperador Justino II (siglo VI), una dalmática historiada de la Alta Edad Media y un gallo de metal dorado ( Siglo IX) que adornaba el campanario de la primera Basílica Constantiniana.