Il Museo, accessibile dal corridoio della sagrestia nel transetto sinistro della Basilica, presenta il Tesoro della Basilica, che è stato ricostituito dopo il saccheggio dell'846 e il sacco di Roma del 1527. Nonostante ulteriori perdite durante il periodo napoleonico successivo al trattato di Tolentino del 1797, ciò che rimane, arricchito da opere d'arte sia dell'antica che della nuova Basilica, costituisce comunque un insieme di straordinaria importanza.